Das Hypogäum von Ħal-Saflieni ist eine im Neolithikum, zwischen 3800 und 2500 v. Chr., auf Malta gebaute und genutzte unterirdische Anlage, die wohl für die Bestattung der Toten und als Heiligtum diente. 1899 stießen 1899 stießen Bauarbeiter beim Bau einer Zisterne in der maltesischen Stadt Paola zufällig auf die unterirdische Tempelanlage. Die Anlage besteht aus vielen unterirdischen Gängen, Hallen und Nischen und erstreckt sich über drei Ebenen. Die oberste Ebene war früher oberirdisch, wurde im Laufe der Jahrtausende von Gestein überlagert. Die mittlere und untere Ebene lagen schon ursprünglich unter der Erde. Die Gänge wurden bis zu 10,6 Meter tief in den weichen Kalkstein getrieben. Die Gesamtfläche des Hypogäums beträgt rund 500 m². Der Begräbnisstättenthorie wird von dem hoch angesehenen Archäologen Prof. Dr. Temi Zammit widersprochen. Dieser behauptet, dass es sich nämlich um keine Begräbnisstätte handelt. In der Anlage fand er Schwemmablagerungen mit menschlichen Überresten, Amuletten und Keramikscherben gut vermischt mit Mutterboden aus roter Erde des Umland. Die Ablagerungen waren überall zu finden - auch in Räumen, welche sehr sorgfältig ausgearbeitet waren. Dasselbe Bild bot sich in den Kammern der unteren Ebenen. Zammit vermutet, dass der Schutt und natürlichen Schwemmablagerungen durch die Sintflut in das Hypogäum gelangten. Er behauptet, dass das Ereignis der großen Flut wirklich stattgefunden hat, in Malta Tausende von Menschen das Leben kostet. Der Umstand, dass sie dicht gedrängt Schutz in den unterirdischen Monumenten suchten, zeugt von heute unvorstellbaren klimatischen Bedingungen. Den Höhepunkt der Katastrophe hatten die Zuflucht suchenden Menschen aber wohl falsch eingeschätzt. Sie ertranken jämmerlich in ihrem vermeintlich sicheren Platz, wurden von den Wassermassen durchgewirbelt und von dem mitgeführten Schlamm begraben. In den Höhlen wurden Skelette von rund 7000 Menschen gefunden. Dr. Zammits Überflutungstheorie wird auch dadurch unterstützt, dass die freigelegten Knochen und Schädel sich in veränderter Anatomie befanden, das heißt: „Die menschlichen Überreste bildeten keine Skelette“, sondern lagen wirr durcheinander in der Schlammablagerung. Nicht ein einziges Skelett konnte in normaler Position geborgen werden. Man fand stellenweise einen vollständigen Fuß oder einen Unter-Arm mit Hand und Fingern. Unter all den Knochen fand man nur einmal sechs Wirbel der Wirbelsäule in der richtigen Reihenfolge positioniert, jedoch ohne den Säulenfortsatz. Untersuchungen der in der Anlage gefundenen Knochen und Schädel erbrachten äußerst überraschende Ergebnisse. Bei den Skeletten muss es sich um ausschließlich frühgeschichtliche Menschentypen handeln. Dies wird belegt durch den Fund von elf noch gut erhaltenen Schädeln, die eindeutig der Langschädel-Abart "Dolichocephal" zuzuordnen sind. Der Typus der Schädel wiederum ist eindeutig dem Homo sapiens neanderthalensis zuzuordnen, der vermutlich seit dem Ende der letzten Eiszeit ausgestorben ist. Die Tempelanlage muss daher schon während der letzten Eiszeit existiert haben, denn wie sonst kämen 7000 menschliche Skelette des Neandertalers in das Hypogäum? Bei einem dieser Schädel fehlte ein typisches menschliches Merkmal: die Sagittalnaht, die die Scheitelbeine verbindet. Handelt es sich dabei möglicherweise um einen Angehörigen einer früher auf der Erde lebenden außerirdischen Zivilisation. Vertreter der Prä-Astronautik sind davon überzeugt, dass Außerirdische vor Tausenden von Jahre die Erde besucht haben.

Der wohl bekannteste Fund in der Anlage ist eine 12,2 cm lange Statuette, die eine liegende Frauengestalt darstellt und „Schlafende Dame“ genannt wird. Die Figur wird heute im Archäologischen Museum in Valetta ausgestellt.