Bei ihrem Aufnahmeritual müssen die Logenbrüder das oben erwähnte Schweigegelübde ablegen. Wer es bricht, wird bestraft. Diese Aura des Geheimnisses führte dazu, dass die Freimaurer als Geheimbund gelten und dass Gedanken aus der Alchemie und andere Geheimwissenschaften und -rituale Einzug in die Logen hielten. Das Verhältnis zwischen Freimaurerei und Religion ist differenziert. Freimaurer setzen grundsätzlich eine göttliche Ordnung voraus, fordern aber in Ihrem Grundgesetz (Old Charges) kein religiöses Bekenntnis des einzelnen Mitglieds. 

1949 gründeten in der Frankfurter Paulskirche Mitglieder aus verschiedenen regionalen Logen der einzelnen Großlogen die Vereinigte Großlogen von Deutschland. Die Gründerlogen waren:

• 42 Logen der Großen National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“,
• 35 Logen der Großen Loge von Preußen, genannt „Royal York zur Freundschaft“,
• 34 Logen der Großloge Zur Sonne,
• 18 Logen der Großen Loge von Hamburg,
• 14 Logen der Großen Mutterloge des Eklektischen Freimaurerbundes,
• 7 Logen der Großen Freimaurerloge „Zur Eintracht“,
• 5 Logen der Symbolischen Großloge von Deutschland,
• 4 Logen der Großen Landesloge von Deutschland,
• 4 Logen der Großen Landesloge von Sachsen,
• 1 Loge des Freimaurerbundes Zur aufgehenden Sonne.
  

1958 erfolgte dann schließlich die Zusammenführung aller deutschen Großlogen unter einen Dachverband mit dem Namen "Großloge der Alten Freien und Angenommenen Maurer von Deutschland". Der deutsche Unternehmer, Schriftsteller und Freimaurer Dr. Theodor Vogel wurde zum ersten Großmeister gewählt.

Die verschiedenen Grade der Freimaurer unterscheiden sich je nach Lehrart hinsichtlich Anzahl und Art. So hat z. B. christlich orientierte Lehrart der Schwedisches Rituale insgesamt 9 Grade. Das weltweit am weitesten verbreitete System des Schottischen Ritus hat sogar 33 Grade. Die maßgeblichen Lehrarten beschränken sich aber auf drei Grade: Lehrling, Geselle und Meister. Grundsätzlich beginnen alle Systeme mit diesen drei Graden. Der Lehrlingsgrad, die Stufe der Selbsterkenntnis, wird durch den rauen Stein symbolisiert. In der Regel nach einem Jahr, wird der Lehrling in den Gesellengrad befördert, dessen Symbol der kubische Stein ist. Dem Meister-Grad ist symbolisch das Reißbrett zugeordnet. Zusätzlich (und optional) gibt es sogenannte rote Hochgradsysteme, die das Ziel haben, die Lehren des Lehrlings-, Gesellen- und Meistergrades noch zu vertiefen. Die Grade 1 bis 3: Lehrling, Geselle und Meister werden als blaue, die Grade darüber als rote Hochgrade oder auch als Erkenntnisstufen bezeichnet. Die blauen Grade sind fast überall auf der Welt organisatorisch von den Hochgraden getrennt und bilden eigenständige Logen.

In Deutschland verbreitet sind, geordnet in der Reihenfolge ihres historischen Auftretens, vor allem die Erkenntnisstufen der Großen National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“, das Schwedische Lehrsystem, der Großen Landesloge der Freimaurer von Deutschland, die Erkenntnisstufen der Großen Loge von Preußen, genannt Royal York zur Freundschaft, der Alte und Angenommene Schottische Ritus (A.A.S.R.) und der York-Ritus:

Große National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“

• Allgemeine Alt schottische Loge: Alt schottischer Meister (IV°)
• Innerer Orient: Auserwählter Bruder (V°) – Geweihter des Inneren Tempels (VI°) – Vertrauter der Vollendung (VII°)

Schwedisches Lehrsystem

• Johannisloge: Lehrling (1°) – Geselle (2°) – Meister (3°)
• Andreasloge: Andreas-Lehrling (IV°) und Andreas-Geselle (V°), beide Grade werden gemeinsam bearbeitet, – Andreas-Meister (VI°)
• Ordenskapitel: Ritter vom Osten (VII°) – Ritter vom Westen (VIII°) – Vertrauter der Johannisloge (IX°) – Auserwählter der Andreasloge (X°)

Große Loge von Preußen genannt Royal York zur Freundschaft

• Innerer Orient: Erwählter Meister (IV°)
• Innerster Orient: Vertrauter Meister (V°)

Schottischer Ritus (A.A.S.R.)

• Perfektionsgrade: 4° Geheimer Meister – 5° Vollkommener Meister – 6° Geheimer Sekretär – 7° Vorsteher und Richter – 8° Intendant der Gebäude – 9° Auserwählter Meister der Neun – 10° Erlauchter Auserwählter der Fünfzehn – 11° Erhabener Auserwählter Ritter – 12° Großarchitekt – 13° Meister vom Königlichen Gewölbe – 14° Auserwählter Maurer
• Kapitelgrade: 15° Ritter vom Osten oder Ritter vom Schwert – 16° Meister von Jerusalem – 17° Ritter vom Osten und Westen – 18° Ritter vom Rosenkreuz
• Philosophische oder Areopag-Grade: 19° Hoher Priester oder Erhabener Schotte – 20° Obermeister der Symbolischen Logen – 21° Noachite oder Preußischer Ritter – 22° Ritter der Königlichen Axt – 23° Meister des Allerheiligsten – 24° Obermeister des Allerheiligsten – 25° Ritter der Ehernen Schlange – 26° Schottischer Trinitarier – 27° Obermeister des Tempels – 28° Sonnenritter – 29° Groß-Schotte des Heiligen Andreas – 30° Ritter Kadosch
• Konsistorialgrade: 31° Groß-Richter – 32° Meister des Königlichen Geheimnisses
• Grad des Obersten Rates: 33° General-Inspektor

York-Ritus (YR)

• Kapitel der Maurer vom Königlichen Bogen: Markmeister (IV°) – Altmeister (V°) – Sehr vortrefflicher Meister (VI°) – Maurer vom Königlichen Bogen (VII°)
• Komturei: Gefährte und Ritter des Erhabenen Ordens vom Roten Kreuz (X°) – Ritter von Malta (XI°) – Ritter vom Tempel (XII°)
• Alternativ Präzeptorei und Priorat: Ritter vom Tempe (X°) – Ritter von Malta (XI°)l

Daneben gibt es noch weitere Freimaurersysteme. So etwa das 1782 von dem deutschen Adligen, Freimaurer und Rosenkreuzer Hans Heinrich Freiherr von Ecker und Eckhoffen entwickelte freimaurerische Hochgrad-System "Asiatische Brüder", das auch jüdische Mitglieder aufnahm. Dann das Klerikale System, ein freimaurerisches Hochgradsystem des 18. Jahrhunderts. Gründer in Deutschland war der deutsche Freimaurer Johann August von Starck. Oder der 1876 von dem britischen Okkultisten John Yarker gegründete Memphis-Misraïm-Ritus. Dabei handelte es sich um einen irregulären freimaurerischen Ritus, der sich aus dem Memphis-Ritus (mit 92 Graden) und dem Misraïm-Ritus (mit 90 Graden) zusammensetzt. 1913 wurde der englische Okkultist Aleister Crowley  zum Patriarch Grand Administrator des Memphis-Misraïm-Ritus gewählt. Der Misraïm-Ritus wurde 1936 von den Nationalsozialisten verboten. Erst 1963 kam es in Frankreich, Belgien und Deutschland zu einer Wiederbelebung.

Bei der Strikten Observanz handelt es sich um ein weiteres freimaurerisches Hochgradsystem, das ab Mitte des 18. Jahrhunderts großen Einfluss gewann und die meisten deutschen und eine Vielzahl europäischer Freimaurerlogen seinem diesem Einfluss unterwarf. Im Unterschied zum englischen Drei-Grad-Freimaurersystem der Johannislogen bot die Strikte Observanz ein sehr hierarchisches Lehrsystem, das angeblich stark auf Elementen des Templerordens basierte. Die Mitglieder der Strikten Observanz betrachteten sich als Nachfolger der Templer, was historisch nicht belegbar ist. Gründer der Strikten Observanz in Deutschland war der Reichsfreiherr Karl Gotthelf von Hund im Jahr 1751. Und schließlich noch der Swedenborg-Ritus ein weiteres unabhängiges und „irreguläres“ freimaurerisches Hochgradsystem. Gründer war der schwedische Wissenschaftler, Mystiker und Theosoph Emanuel (von) Swedenborg. In Deutschland konnte dieser Ritus keinen Fuß fassen.

Die römisch-katholische Kirche und auch die Islamische Weltliga sehen die Zugehörigkeit zur Freimauererei als unvereinbar mit ihren Grundsätzen an und fordern den Austritt aus den Logen.