Unweit der Insel Yonaguni im äußersten Südwesten Japans im Ostchinesischen Meer wurde in den 1980er Jahren ein vor der Insel liegender terrassierter Monolith gefunden, der als das Yonaguni-Monument bekannt geworden ist. Einige Archäologen vermuten, dass er von Menschenhand erschaffen wurde. 1985 wurden von dem japanischen Taucher Kihachiro Aratake auf dem Meeresboden vor Yonaguni großflächige Strukturen entdeckt. Die Strukturen sind durchgehend rechtwinklig. Es scheint, als ob planvoll Treppen und Stufen in den Fels gehauen wurden. Die Gesamtstruktur ähnelt einer Pyramide. Aufgrund ihrer verhältnismäßig exakten Proportionen und Kanten ist es strittig, ob die Felsformation geologisch durch natürliche Erosion in Tausenden von Jahren entstanden ist oder ob es sich um von Menschen errichtete Bauwerke handelt. Der Geologe Wolf Wichmann kommt nach mehreren Tauchgängen zu der Formation zu dem Schluss, dass es sich dabei um den Rest einer Schorre handelt. Das sind flach zum Meer hin abfallende bzw. zum Land hin ansteigende, bei Ebbe zum Teil trocken liegende Fläche in der Uferzone eines Meeres, die durch Brandung und Wellen geformt wird. Sie entstand, als sich die Formation noch innerhalb der Brandungszone befand. Mit dem Ende der Eiszeit, als der Meeresspiegel wieder anstieg, wurde sie dann überflutet und erhielt so ihr heutiges Aussehen.
Als Argument führt Wichmann an, dass alle Wände und Terrassen der Formation entlang natürlicher Schwachpunkte im Gestein verlaufen und daher durchaus geologisch entstanden sein können. Professor Masaaki Kimura, an der Universität Ryūkyū, hingegen vermutet, dass es sich um eine von Menschen bearbeitete Gesteinsformation handelt, die sich vor etwas mehr als 8000 Jahren über dem Meeresspiegel befand. Er forscht seit Jahrzehnten zum Yonaguni-Monument und behauptet, das bühnenähnliche Plateau sei Beweis für eine versunkene Hochkultur. Da die präzise ausgeführten Terrassen und die gleichmäßig angeordneten Strukturen der Yonaguni-Formation seit dem Ende der Eiszeit unter Wasser läge, würde dies auf einen anthropogenen Ursprung hindeuten, sodass ihre Erbauer vor rund 8.000 bis 10.000 Jahren auf der gleichnamigen Insel gelebt haben müssten. Trifft diese Annahme zu, wäre das Monument vor der japanischen Küste das älteste Bauwerk der Welt. Das steht aber im Widerspruch gängigen zur Zivilisationsgeschichte. Auf den japanischen Inseln hat man aus dieser Zeit nur einfache Keramiken der Jōmon-Kultur (14.000 bis 300 v. Chr.) gefunden. Deren Menschen waren Jäger und Fischer und lebten in Grubenhäusern mit Bambusdächern. Große Bauwerke aus Stein kannten sie nicht. Aus der Jōmon-Zeit sind jedoch die sogenannten Dogū erhalten. Dabei handelt es sich um Tonstatuen, deren Zweck bis heute unbekannt ist. Von Anhängern der Prä-Astronautik werden die Dogu Figuren als außerirdische Raumfahrer gedeutet, weil sie Helme und Anzüge tragen und man angeblich Verschlüsse erkennt. Diese sollen maßgeblich zur Entwicklung der damaligen Menschheit beigetragen haben und könnten auch die Yonaguni-Struktur erschaffen haben.