Die Architekten der Inka errichteten großartige Bauwerke aus schweren, zyklopischen Granitsteinen, die sie verwinkelt fugenlos aneinander passten. Die Bausteine schmiegen sich ohne jeden Gebrauch von Mörtel so solide und eng aneinander, dass kein Blatt Papier mehr dazwischen passt. Wie konnten sie diese Kulturleistungen nur mit menschlicher Muskelkraft , das heißt ohne Rad oder Wagen, ohne Zugtiere wie Ochse und Pferd, und ohne Kenntnis eines Flaschenzugs oder ähnlicher Maschinen vollbringen? Die einzigen bekannten und dokumentierten Werkzeuge der Inka-Steinmetzkunst sind Schlagsteine, Bronze-Stemmeisen, Lot und Seile. Die weißen Granitsteine stammen aus einem Steinbruch in nächster Nähe der heutigen Machu Picchu Ruinen. Doch Niemand weiß, wie die massiven Granitquader transportiert wurden. Hinzu kommt, dass durch die Gegend gleich zwei Erdverwerfungslinien laufen und größere Erdbeben bereits vorgekommen sind. Trotzdem stehen die Bauten von Machu Picchu noch heute. Ähnlich monumentale Steinarchitekturen findet man in einer Prä-Inka-Kultur, der Tiwanaku-Kultur (spanisch: Tiahuanaco) nahe der gleichnamigen Ortschaft in Bolivien. Die Größe der Steine, die zum Bau der Gebäude verwendet wurden, und die Präzision, mit der sie bearbeitet wurden, ist ebenso rätselhaft wie die Bauwerke in Machu Picchu . Niemand kann erklären, wie die tonnenschweren Steine bewegt oder mit welchen Werkzeugen sie geformt wurden. Die Steinmetze von Tiwanaku griffen bei den fein zugerichteten Steinen für die Herstellung der glatten Oberflächen, perfekt ebenen Flächen und den exakten rechten Innen- und Außenwinkel auf eine unbekannte Technik zurück. Gesichert ist jedenfalls, dass die scharfen und präzisen Innenwinkel von 90° nicht mit Schlagsteinen angefertigt wurden.  Doch mittlerweile weiß man mehr. Die Prachtbauten der Inka in Cuzco und Machu Picchu verweisen auf das architektonische Wissen einer älteren Kultur, der Hochkultur von Caral. Caral ist die älteste bekannte Stadtsiedlung auf dem amerikanischen Kontinent. Sie liegt in Peru, etwa 200 km nördlich von Lima im Tal des Río Supe. Anhand von in Caral gefundenen Schilf- und Baumwollnetzen konnte das Alter der Siedlung und seiner Kultur mit der C-14-Methode auf etwa vor 4.600 v. Chr. datiert werden. Damit sind die Überreste von Caral mindestens so alt wie die ägyptischen Pyramiden, die Azteken-Tempel in Mexiko, die Bauwerke der Sumerer von Mesopotamien oder der Hindu Zivilisationen. Caral soll für 3.000 Jahre die späteren und berühmteren Kulturen Perus geprägt haben - von den Nazca mit ihren grandiosen Wüstenbildern bis zum Imperium der Inka.

Weshalb die Inkas Machu Picchu nach nur 100 Jahren der Nutzung plötzlich wieder verlassen haben, ist ein Rätsel. Eine von mehreren Theorien geht davon aus, dass Machu Picchu zwischen 1438 und 1471 erbaut wurde, als der neunte Inka-Herrscher Pachacútec Yupanqui  (1438 bis 1471) an der Macht war. Der spanische Chronist und Historiker Pedro de Cieza de León (* ca. 1520; † 1554) erzählt jedoch in seiner Crónica del Perú (Chronik von Peru) , dass die Einwohner von Tiwanaku ihn ausgelacht, hätten, als er sie fragte, ob die Inka die Monumentalstrukturen der Stadt errichtet hätten. Sie erzählten ihm, dass die Gebäude lange vor der Regentschaft der Inka errichtet worden seien. Sie konnten aber die Frage nicht beantworten, wer sie errichtete. Als die Inka das Gebiet erreichten, fanden sie Tiwanaku bereits verlassen vor. So soll der Inka  Pachacútec als er nach Tiwanaku kam, die Gebäude, die er zu Gesicht bekam, sehr bewundert haben, da er solche noch nie zuvor gesehen hatte. Er soll daraufhin seine Männer angewiesen haben, diese Architektur sorgsam zu studieren, da er die Gebäude in Cuzco in gleicher Weise errichtet haben wollte. Nach Untersuchungen der spanischen Historikerin María del Carmen Rubio hieß Machu Picchu damals mit bürgerlichem Namen „Patallacta“ . Dies ist genau der Name des Ortes, an dem der Inka Pachacútec begraben werden wollte. Sein Grab ist jedoch noch nicht entdeckt worden.  Ein weiteres bedeutendes Beispiel der Architektur aus der Inka-Zeit  ist die Inka-Festung Sacsayhuamán Mit dieser alten Zitadelle  in Peru sind  von den ohnehin  eigentlich menschen-unmöglichen Konstruktionen bis hin zu den unterirdischen Tunneln, den Chinkanas noch viele Geheimnisse verbunden, die es zu ergründen gilt.

Die Inka beteten als Hauptgottheit die Sonne an, weshalb auch der Sonne das Hauptaugenmerk ihrer astronomischen Wissenschaft gewidmet wurde, aber auch die Sommer- und Wintersonnenwende im Juni und Dezember - die Sonnen-Äquinoktien und die Tagundnachtgleichen waren wichtige Beobachtungskriterien. Wichtigstes Beobachtungsobjekt war aber die Sonne. Neben ihr beobachteten die Inkas auch den Mond, Mars, Merkur und Saturn. Auf dem Altarbild im Sonnentempel von Cuzco war z. B. eine Darstellung dem Mond gewidmet. Das Interesse der Inka galt aber auch den Plejaden. Ihre Tempel sind – ebenso wie ihre Kalender – nach den Plejaden ausgerichtet.