Nofretete war die Große königliche Gemahlin des Pharao Echnaton (Amenophis IV.). Nofretetes genaue Herkunft ist unbekannt. Es wird jedoch angenommen, dass sie die Tochter von Eje (Pharao) der 18. Dynastie (Neues Reich)) und dessen erster Frau war und das sie wie ihr Vater aus der altägyptischen Stadt Achmim stammte. Am 6. Dezember 1912 wurde bei Ausgrabungen der Deutschen Orient-Gesellschaft in Tell el-Amarna einer archäologischen Fundstätte am Ostufer des Nils, in der Werkstatt des dort ansässigen Bildhauers Thutmosis die Büste der Nofretete gefunden. An diesem Ort gründete Pharao Echnaton (Amenophis IV.) die neue Hauptstadt Achet-Aton zu Ehren des Sonnengottes Aton. Die Kalksteinbüste trägt keine hieroglyphischen Inschriften, konnte jedoch im Vergleich mit anderen Darstellungen trotzdem als Porträt der Königin Nofretete identifiziert werden. Die Büste trägt die für Nofretete auf zahlreichen Darstellungen typische blaue Krone. Im selben Raum fand man auch eine lebensgroße, ebenfalls bemalte und aus Kalkstein bestehende Büste von König Echnaton. Nofretete gilt als Inbegriff weiblicher und majestätischer Schönheit. Ihr Name bedeutet übersetzt "die Schöne ist gekommen", Ihre Büste ist ein Meisterwerk der Bildhauerkunst aus der Amarna-Zeit. Da sie in späteren Texten nicht mehr namentlich erscheint, wurde vermutet, dass Nofretete kurz nach dem zwölften Regierungsjahr Echnatons verstorben sei. Wissenschaftler der flämischen Katholischen Universität Löwen in Belgien entdeckten jedoch Anfang 2012 in einem Steinbruch nahe Achet-Aton eine Inschrift, die sowohl Nofretete als auch Echnaton in dessen 16. Regierungsjahr („Jahr 16, 3. Monat, Tag 15“) nennt. Die Inschrift in hieratischer Schrift besteht aus fünf Zeilen und nennt die Namen Echnatons und bezeichnet Nofretete, deren Name in einer Hieroglyphenkartusche (eine aus einer Seilschlaufe bestehende, länglich-ovale Linie, die im Alten Ägypten die Namen eines Herrschers (Pharao) oder Kleinkönigs umschloss) geschrieben ist, in der dritten Zeile: „Große königliche Gemahlin, Geliebte, Herrin der beiden Länder, Neferneferuaton Nefertiti.“ Das lässt die Schlussfolgerung zu, dass Nofretete ihren Ehemann, der in seinem 17. Regierungsjahr verstarb, überlebt hat. Nofretete sollte an der Seite ihres Mannes im Königsgrab des Echnaton beigesetzt werden. Echnaton hatte ursprünglich ein Grab bei Amarna für sich und seine Familie errichten lassen. Doch keine der beiden Mumien wurden dort gefunden. Die Mumien wurden zu ihrem eigenen Schutz später wahrscheinlich verlagert. Von Nofretete wurde behauptet, dass sie die Mutter des Kindkönigs und Pharaos Tutanchamun ist. Diese wird derzeit mit der Mumie 61070 aus dem Grab KV 35 im Tal der Könige identifiziert. Die Mumie wurde 1898 von dem französischen Archäologen Victor Loret gefunden und war seither unter dem Namen «Younger Lady» (Ältere Dame) bekannt. Nach der Haaranalyse hat man sie zunächst für Königin Teje gehalten, die Mutter von Echnaton. Doch später fand man heraus, das die sogenannte Ältere Dame war bei ihrem Tod noch gar nicht so alt war, nämlich nur etwa 24 bis 34 Jahre Die Königin Teje ist aber nach Erkenntnissen der Ägyptologen mit über 40 gestorben. Von Nofretete hingegen vermutet man, dass sie um 1340 v. Chr. im Alter von 28 oder 29 Jahren starb. Die Mumie passt auch in der Gestalt zu der berühmten Kalksteinbüste von Nofretete. Besonders auffällig ist dabei ein sogenanntes Philtrum, eine Einbuchtung in der Mitte der Oberlippe. Es ist sowohl an der Nofretete-Büste sehr hervorgehoben als auch bei der Mumie. Auf dem Porträt von Königin Teje ist das Philtrum jedoch nicht so ausgeprägt.
Kürzlich wurden im Tal der Könige zwei Mumien entdeckt. Zahi Hawass, der frühere Staatsminister für Altertümer in Ägypten, hat die Ausgrabungen im Tal der Könige im heutigen Luxor durchgeführt. Er glaubt, dass es sich bei der einen Mumie um Nofretete handelt und bei der anderen um ihre Tochter Ankhesenamun, die Frau von Tutanchamun. Man nimmt an, dass die Mumien aus den Gräbern KV21 und KV35 im Tal der Könige in Luxor stammen. Im Grab wurden Objekte mit den Namen Echnatons, Tejes und sogar Amenophis III. gefunden. Eine im Jahr 2010 durchgeführte DNS-Analyse identifizierte die Mumie jedoch als Sohn des Amunhotep III und der Teje und als Vater Tutanchamuns. Damit ist für manche Forscher zwar die Identität mit Echnaton gesichert, dagegen spricht aber das junge Todesalter der Mumie, sodass es sich mit hoher Wahrscheinlichkeit eher nicht um Echnaton handeln kann. Es gibt immer wieder auch Spekulationen, dass Echnaton und Nofretete in einer großen geheimen Kammer hinter einer verborgenen Tür im Grab Tutanchamuns beigesetzt wurden. Doch dieser mysteriöse Raum wurde bisher nicht gefunden.
Der renommierte britische Ägyptologe Nicholas Reeves hat bei einer monatelangen Analyse hochauflösender Bilder der Grabkammer, die von der italienisch-spanischen Firma Factum Arte eingescannt wurden, angeblich Linien erkannt, die auf verborgene Räume hinter der West- und der Nordwand der Grabkammer Tutenchamuns schließen lassen. Die Linien passen exakt zur Geometrie der bisher bekannten Kammer. Daher könnte es sich bei dieser um eine Vorkammer zu einem weitaus bedeutsameren Grab handeln: dem "verlorenen Grab der Nofretete". Tutenchamun, der Stiefsohn Nofretetes, wäre demnach im Vorraum der Grabkammer bestattet worden, den man zu diesem Zweck lediglich erweitert habe. Fest steht, dass Nofretete im 14. Jahrhundert v. Chr. die Frau des Pharaos Amenhotep IV. war, der heute besser unter dem Namen Echnaton bekannt ist.
Reeves stützt seine Theorie auf eine andere unter Archäologen umstrittene Theorie, wonach Nofretete von der Hauptfrau Echnatons zur Co-Regentin aufstieg und später nach dessen Tod alleinige Pharaonin wurde - womit sie die unmittelbare Vorgängerin ihres Stiefsohns Tutenchamun gewesen wäre. Nofretete wechselte ihren Namen erst zu Neferneferuaten und dann zu Semenchkare; beide Namen sind in Kartuschen (Ovale, die königliche Namen rahmen) dokumentiert, die ihren Träger oder ihre Trägerin als königlich ausweisen. Alle drei Namen sollen nach dieser Lesart ein und dieselbe Person bezeichnen. In Tutanchamuns Grab befanden sich mehrere Objekte, die entweder Neferneferuaton oder Semenchkare zuzuordnen sind. Folgende Indizien sprechen ebenfalls für die Theorie Reeves. Zum einen ist Tutenchamuns Grab im Vergleich zu den anderen Ruhestätten im Tal der Könige auffallend klein. Die Grabbeigaben, sind zwar gut erhalten, wurden zum Großteil ursprünglich wohl nicht für den Kinder-Pharao hergestellt. Die berühmte goldene Totenmaske, weist durchstochene Ohren auf - Nofretete war eine der wenigen Frauen des Könighauses, die Ohrringe trugen. Auch ähnelt die Anlage des Grabs eher der von Königinnen, nicht jener der männlichen Herrscher. Die infrage kommende Nordwand unterscheidet sich zudem in ihrer Bemalung von den anderen Wänden: Sie scheint nachträglich gestaltet worden zu sein - womöglich um den zugemauerten Zugang zum dahinterliegenden Teil der Grabkammer zu verbergen. Das Grab des Tutenchamun, war als einziges im Tal der Könige unversehrt. Sollte es dahinter nun eine weitere Grabkammer geben, müsste auch diese den Grabräubern verborgen geblieben sein.
Eine Untersuchung der Wandabschnitte mit einem nicht-invasivem, bildgebenden Verfahren. z. B. Bodenradar, würde eventuelle Hohlräume hinter den Wänden aufzeigen. Hierzu bedarf es jedoch einer Genehmigung durch die Antikenverwaltung in Kairo. Eine solche wurde nicht erteilt, so das Reeves den Beweis seiner Theorie bisher schuldig bleiben musste. 2010 veröffentlichten Forscher eine Analyse des Erbguts von insgesamt elf Mumien aus dem Tal der Könige. Sie kamen als Vor- oder Nachfahren von Tutanchamun infrage, dessen Identität wegen seines weitgehend intakten Grabs zweifelsfrei feststand. Die Genanalyse ergab, dass die Mumie, die «Younger Lady» genannt wurde, sowie ein Mann aus einem anderen Grab, die Eltern von Tutanchamun sind. Die Ergebnisse lassen sich so interpretieren, dass es sich bei diesen Mumien um Echnaton und Nofretete handelt. Dagegen spricht aber ein interessantes Detail aus der Genanalyse: Die «Younger Lady» und ihr Gatte müssen Geschwister gewesen sein. Die Forscher sind sich daher sicher, dass es nicht Echnatons Frau war, die für ihre außergewöhnliche Schönheit bekannte Königin Nofretete. Infrage kommt aber Echnatons Nebenfrau Kija. Oder auch eine seiner Töchter. Solche Verbindungen waren innerhalb der königlichen Familie nicht unüblich. Die Inzuchttheorie wird besonders gestützt durch die Feststellung, dass Tutanchamun unter genetischen Missbildungen litt, u. a. eine Gaumenspalte und einen Klumpfuß.
Weder Nofretetes Mumie, noch die ihres Mannes Echnaton, konnten bisher gefunden werden.
Ein weiteres Rätsel gibt der Tod eines Bruders von Echnaton auf. Thutmosis war der erstgeborene Sohn des Königs (Pharao) Amenophis III. und dessen Großer Königlichen Gemahlin Teje. Königin Teje und Pharao Amenophis III. hatten mindestens sechs gemeinsame Kinder: zwei Söhne und vier Töchter. Der älteste Sohn Thutmosis soll bereits im 30. Regierungsjahr seines Vaters verstorben sein, weswegen sein jüngerer Bruder Amenophis, später auch bekannt als Amenophis IV./Echnaton zum Thronfolger ernannt wurde. Es gibt genau zwei Belege für den Tod von Kronprinz Thutmosis. Es handelt sich um einen aus Speckstein gefertigten Uschepti (= Statuette) der den toten Thutmosis aufgebahrt zeigt sowie um einen aus Kalkstein gefertigten Sarkophag hierfür. Beide Artefakte sind nur wenige Zentimeter groß. Außer diesen beiden Artefakten gibt es nichts, was auf den Tod von Thutmosis hinweist, kein Grab, keine Inschrift, keine Mumie. Sicher ist das Thutmosis unter Echnaton nachweislich der Vizekönig von Kusch. Kusch, auch „Nubien“ (das Goldland) genannt, war aufgrund seiner Goldschätze und Handelskontakte mit Schwarzafrika wohl die wichtigste Provinz Ägyptens. Die Kapelle Nummer 26 des Vizekönigs von Kusch für Pharao Amenhotep III in Dschabal as-Silsila, zirka 145 km südlich von Luxor, belegt durch die dort gefundene Kartusche von Amenhotep III eindeutig, dass der neue Vizekönig von Kusch, Thutmosis, sein Amt noch zu Lebzeiten von seinem Vater Amenhotep III antrat. Ein weiterer Hinweis der auf der Nil-Insel Sehel, etwa 3 km südlich der Insel Elephantine in Assuan gefunden wurde. belegt, dass der gleiche Vizekönig auch noch unter Pharao Echnaton diente. Dort ist Thutmosis mit samt Namensangabe und dem Titel „Königssohn“ (von Kusch) stehend dargestellt vor dem Krönungsnamen Echnatons. Da der Krönungsname von Echnaton genutzt wurde beweist diese Darstellung, dass Echnaton zu dieser Zeit bereits Pharao und Amenhotep III damit schon verstorben war.